NukeViet cho phép phân quyền đa chức năng với nhiều cấp. Ở mức độ người quản trị, hệ thống cho phép phân thành các quyền:
Quyền tối cao (chỉ dành cho người đầu tiên cài đặt website).
Quyền điều hành chung (Được quản lý toàn bộ site nhưng không được can thiệp vào các chức năng có khả năng hủy hoại hoàn toàn site.
Quyền điều hành module: Chỉ được quản lý trong phạm vi module.